De Eben-Haëzerschool gaat uit van de 'Stichting voor Christelijk basisonderwijs op Reformatorische grondslag voor Groningen en Drenthe'. De school heeft als grondslag het Woord van God, dat onfeilbaar is. De school onderschrijft tevens geheel de Drie Formulieren van Enigheid (de belijdenisgeschriften), zoals deze zijn vastgesteld door de Nationale Synode gehouden te Dordrecht (1618-1619).